TheắtFlashJavatrêbiao giải thích của nhà phát triển Ricky Modello trên blog WebKit, khi một website chứa cả nội dung Flash và HTML5, Safari luôn ưu tiên HTML5. Nếu website yêu cầu phải có plug-in như Adobe Flash mới chạy được, người dùng có thể kích hoạt nó bằng tay như trong trình duyệt Google Chrome.

Các website không có HTML5 nhưng phát hiện Flash bị vô hiệu hóa sẽ hiển thị cảnh báo “Flash isn’t installed” cùng đường dẫn để tải Flash từ Adobe. Nếu người dùng click vào một trong các liên kết đó, Safari sẽ thông báo plug-in đã được cài đặt và hướng dẫn kích hoạt một lần duy nhất hay mỗi lần ghé thăm website. Tùy chọn mặc định là chỉ kích hoạt một lần. Các plug-in khác cũng tương tự.